Anche a me ogni tanto capita, il mio servizio assistenza hosting mi ha detto di fare backup azzerare tutto e reinstallare Joomla. Ho evitato per pigrizia, hanno aggiornato php e mysql e ora è tanto che non succede.
Quindi credo che non dipenda molto da come lavoriamo noi ma dalla stabilità dei server che ospitano i nostri siti.
Ti consiglio cmq di allegerire il più possibile il sito da plugin o componenti inutili che potrebbero appesantire le pagine e il CMS.
Ciao
Dario