Se è come penso io, non è tanto un problema di configurazione, quanto proprio la posizione errata dei file sul server.
Dovresti chiedere le credenziali FTP al tuo hosting, quindi installare
Filezilla ed andare a vedere cosa c'è nella root (cartella principale) del tuo spazio: probabilmente troverai una cartella chiamata "joomla", che contiene tutti i file del sito, fra cui cartelle come "administrator", "cache", "components", ...
Se è così, si tratta solo di spostare tutto il sito nella root. Purtroppo, non basta un copia - incolla perché bisogna aggiornare tutti i riferimenti alle varie cartelle nel file configuration.php: per questo, ti consiglio di installare
Joomlapack, con cui puoi realizzare un backup e ripristinarlo nella cartella corretta; Joomlapack provvederà ad aggiornare automaticamente i riferimenti.
Per il ripristino, puoi usare lo script Kickstart, scaricabile dal sito di Joomlapack.
Se non dovessi trovare la cartella "joomla", o se avessi altri problemi, chiedi pure!
Ancora una cosa: lo spazio ti è stato fornito con Joomla preinstallato, od hai provveduto tu all'upload ed alla configurazione?
Luca