se ho capito bene, hai un problema con dei moduli che sono visualizzabili solo in alcune pagine del sito.
dal back-end vai su gestione moduli e clicca sui moduli che ti danno problemi, in basso a sinistra trovi il riquadro "Assegnazione menu", da quanto ho capito avrai già selezionato "Seleziona dalla lista" e quindi dovrai semplicemente aggiungere il menu che ti da problemi alla lista dei menu che fanno comparire quel modulo.