Dal link che ti ha dato napo credo che la parte di maggior interesse per te sia questa:
Infine occorre ricordare una cosa molto importante relativamente a Joomla e ai permessi. Quando ci si connette via FTP per gestire il sito, lo si fa con un nome utente fornito dal provider; pertanto l'owner dei file è il nostro utente. Tuttavia, durante il normale funzionamento di Joomla, non è più il nostro utente a lavorare ma è l'utente del web server, che di solito si chiama www-data o apache. Di conseguenza se togliamo, ad esempio, i permessi di lettura al gruppo e agli altri, la pagina non sarà più accessibile online perchè il web server (che è other) non ha più i permessi di lettura sul file. O analogamente se togliamo i permessi di scrittura. Inoltre se il web server si trova a dover creare dei file, ne sarà lui il creatore ed il nostro utente sarà pertanto other. Ciò significa che se il web server crea il file con permessi 644, non saremo più in grado di rimuovere tali file via FTP.
