Ciao ax,
diciamo che non è possibile quello che tu chiedi, in quanto www.user.site.com
costituirebbe un sottodominio, cosa che la maggior parte degli hosting vende separatamente dal dominio principale, per altro ti costerebbe un bel po'.
Se abiliti l'ottimizzazione SEO di Joomla, dal pannello di configurazione, l'url rewriting e rinomini htaccess.txt in .htaccess, dovresti avere un url più semplice, del tipo:
www.sito.com/users/nomeutente.html