guarda, non posso verificare se la modifica migliorerebbe direttamente su explorer perche qui non ce l'ho ma cosi a occhio credo sia che questo
#ja-header .main {
ha come valore height 80px che non bastano in realta per contenere il div interno che ha altezza 86px
suppongo che i browser intelligenti interpretino il contenuto, in effetti piu alto e spostano sotto il resto. explorer (stupido) si attiene a quello che dici e mantiene la dimenzione a 80px
prova a cambiarlo in 86
in mbocca al lupo!
