Se utilizzi un software tipo Filezilla (gratuito ed ottimo) basta che tu selezioni tra le opzioni di upload di inviare al server solo i files e le cartelle con la data più recente, e quindi modificati.
L'importante comunque è che tu non cambi il file
configuration.php, perchè contiene tutti i parametri di configurazione del sito (nome database, password ecc.)
Ciao
