se le impostazioni sono corrette non c'è nessuna differenza, diciamo che nella mentalità joomla non c'è l'intervento nel codice ma c'è l'uso di moduli e plugin, tra l'altro i moduli hanno il vantaggio di poter essere pubblicati in certe pagina e in altre no, e di funzionare anche quando cambi template
inoltre molti codici esterni possono essere inseriti in modulini html personalizzati (custom) oppure in modulini banner ed essere pubblicati come normali moduli in qualsiasi user di qualsiasi template
