benvenuto nel forum di joomla.it
ovviamente no, i dati personali del sito (chiamamoli così) sono nel file configuration.php salvo quello puoi tranquillamente sovrascrivere sempre e comunque (vale per tutti i programmi open source magari il configuration si chiamerà con altro nome)
potresti usare invece un .htaccess personalizzato, ma neanche quello verrebbe sovrascritto perchè negli aggiornamenti viene ricompreso un file che si chiama htaccess.txt ed è quindi a tutti gli effetti un nome diverso
ma perchè alla .17 ora siamo alla .18 per motivi di sicurezza quindi fai una cosa completa..