A volte succede che impazziamo con il charset dell'index, mentre la soluzione è più semplice.
Quando i "caratteri strani" al posto delle accentate appaiono in amministrazione o comunque fuori dagli articoli, in genere si tratta di un file di linguaggio salvato nel formato sbagliato. Si cerca il file di linguaggio (nelle cartelle /language/linga o /administrator/language/lingua). In genere il file si riconosce perchè ha il nome del componente o modulo e termina in .ini.
Si apre il file on un programma tipo notepad++ e si salva in fprmato utf8, si carica sul server ed in genere risolve...