Io creerei una bella cartella /joomla2/, poi ci farei dentro un'installazione fresca fresca, collegandomi però allo stesso db della principale (copii i file di joomla dallo zip, ci copi dentro il configuration.php della principale e cambi i path della tmp e della cache). Cancella poi la cartella /installation.
Sulla seconda installazione ci installi tutto quello che è installato sulla prima (da zip freschi, non copiare niente). Il template che usi invece lo puoi copiare.
Quando tutto funziona, cancelli l'istallazione principale, ci copi la secondaria al suo posto e ricambi i path tmp e cache nel configuration.php.
Ah, tutto quessto dopo un bel backup di tutto, compreso DB...
Un po' per tutti: i contenuti, in Joomla, sono nel DB, non conviane mai, salvo le dovute eccezzioni (codice personalizzato, per esempio) copiare file...