Ciao!
Allora, anche io uso il tuo stesso template, però non il layout in questione.
Guardando un po' con Firebug ho trovato lo stesso codice da te incollato e ho visto che, a seconda che il div "ja-toolbar-main" sia aperto o chiuso quello "style" per l' altezza compare e scompare.
Nel file di riferimento per il blocco in cui si trova il menù, vale a dire "mainnav.php" non ve n'è traccia e così anche nel foglio di stile "iphone.css".
A questo punto ho pensato al javascrpit e forse ho trovato il file in cui viene gestito il comportamento del menù in questione:
ja purity ii/js/iphone.js
Li dentro direi che viene gestita l' applicazione dello stile "height:57px" quando si clicca sulla voce di menù.
Da qui in avanti, però, non ti so aiutare, perché non so niente di tale linguaggio.
Non è nemmeno detto che il mio ragionamento sia giusto, però potrebbe essere un punto di partenza

Sicuramente ci sarà qualcun altro più esperto!
Ciao