Secondo il mio punto di vista:
1) Il messaggio è stato mandato da qualcuno che vuole solo metterti paura
2) La scritta del copyright di joomla viene generata in automatico dal mod_footer..non credo che gli sviluppatori di joomla si divertano a mettere una cosa del genere solo per denunciare chi poi usa il loro prodotto
3) In ogni caso il copyright a cui si riferisce il footer è sui contenuti, sulla grafica, ecc., non sul fatto che venga usato joomla (cosa che tra l'altro il visitatore del sito non può sapere: a lui arrivano semplici pagine html come risultato dell'elaborazione di pagine php, quindi "dietro" potrebbe esserci qualunque cosa) : la GPL consente di usare a proprio piacimento il software e si fa qualcosa di illegale ri-distribuendo il software stesso modificato, magari con licenza diversa, spacciandolo per proprio. Nel caso di un sito web, è illegale ri-distribuire joomla (il pacchetto con i sorgenti) spacciandolo per proprio e soprattutto a sorgente chiuso: è nella "distribuzione" del software che devi stare attento, non (come stai facendo tu) nell'utilizzo.
Addirittura, se tu hai fatto delle modifiche al core di joomla, sempre per la GPL, non sei costretto a renderle pubbliche (anche se le utilizzi su un sito pubblico) : sei costretto a renderle pubbliche sempre sotto GPL se rilasci un nuovo pacchetto di joomla, ma questo è un altro discorso...
