Joomla, il suo codice php, viene "costruito" dal server, gli script javascript (no java) contenuti in joomla o aggiunti da te in joomla, vengono eseguiti dal tuo browser, sia esso ffox o ie o opera etc.
Un uso sapiente di js permette ai tuoi contenuti di trovare il miglior adattamento al tuo browser dato che è lui ad interpretarli.
Ovvero ci sarà codice che si occuperà di vedere che browser usi, che dimensioni ha il tuo video etc.
Per poter fare questo è necessario che il browser a cui mi rivolgo capisca ciò che gli dico e spesso le "logiche" non sono proprio uguali, c'è un minimo di diversità che va prevista e gestita all'origine.
Il js di joomla (core) non ha nessunissimo problema con ie o ff o altri, diversamente può essere per codice sviluppato da altri.
I problemi di visualizzazione sono solitamente dovuti a diverse "letture" dei css.
Sono questi che vanno ottimizzati per uno o per l'altro browser.
Altro problema inserire codice nei contenuti.
... a parte che non ne vedo l'esigenza a meno di una visione dello stesso..., può darsi tu trovi appunto soluzioni di plugin che sono l'unica strada percorribile se non sai programmare.
Inserire codice brutalmente in un articolo e sperare che funzioni equivale a dire che forse c'è qualche problema di sicurezza.
Nessun contenuto deve essere mai eseguibile.
Ma anche nel caso tu usi un plugin potrebbe non funzionare nulla a meno che prima di installarlo tu non legga la documentazione del plugin dove sicuramente vengono riportate le compatibilità e i problemi legati ai browser.
... un mio consiglio personale...
ci sono tante cose che con un po' di ingegno risolvi tranquillamente con ciò che hai a disposizione, cerca sempre di evitare di risolvere i tuoi problemi installando roba che nn sai valutare e gestire e che spesso è origine di vulnerabilità e malfunzionamenti.
M.