Ciao,
dai menu, nonostante nella barra di stato del browser i link appaiano come ci fosse il SEF attivo, le pagine vengono raggiunte come "non sef". Infatti, raggiunta la pagina, nella barra degli indirizzi vedi la url classicamente non sef.
Dai link, invece, viene comunque cercata una pagina SEF e questa non viene trovata.
Allora:
1) disattiva il sef, svuota la cache e vedi se i link funzionano;
2) verifica che l'htaccess sia stato rinominato da htaccess.txt in .htaccess e accertati che "rewritebase" sia senza il cancelletto all'inizio della riga (che sia "decommentato", quindi) e che sia valirizzato con /j
3) riattiva il sef mettendo su "si" tutte e tre le opzioni