non le cartelle ma i files thumbs.db
li semina il tuo sistema operativo, non li vedi nel tuo pc perchè non tieni attivata la opzione visualizza files invisibili, li vedi invece quando sono in remoto e sono deleteri in certi casi, li elimini via ftp con filezilla ci clicchi su e li elimini..
inoltre lascia che la galleria gestisca da sola le proprie cartelle, sa farlo benissimo, tu devi solo seguire le istruzioni..
le immagini quanto pesano? che estensione hanno?
nel server via ftp hai la proprietà delle cartelle e dei files?
comunque avvisa la assistenza hosting, forse il server ha delle impostazioni errate