Il file .htaccess serve a definire alcune impostazioni di avvio per le pagine; come ha detto bettinz serve in caso viene abilitato il Self Engine Friendly, cioè l'opzione di Joomla! per far "digerire" ( passatemi l'epressione
)meglio Joomla! ai motori di ricerca e in caso poi usi componenti come SEO che trasformano le stringhe php dei titoli delle pagine in titoli leggibili...(
www.miosito.it/pippo.html invece di
www.miosito.it/com=8798arg87... ).
Comunque non è vero che vengono cancellati; all'inizio il file è in formato ".txt"; se hai abilitato le opzioni di cui sopra devi rinominarlo in .htaccess; nota che per fare questo devi affidarti ad un client ftp come FileZilla perchè da Browser non puoi farlo. Inoltre vedrai che il file "scompare", ma non si cancella perchè diventa "nascosto", per motivi di sicurezza, ma è sempre presente sul server (in FileZilla basta abilitare la visualizzazione dei file nascosti).
In conclusione: se non vuoi abilitare SEF e/o SEO ecc. tienilo così com'è.
Spero di esserti stato utile!
