dunque,
quel codice html viene stampato anche tramite il php...
(caratteristica dei siti dinamici)
cerco di spiegarmi un po meglio.
Se vai in amministrazione -> estensioni -> gestione template -> clicchi sul tuo template -> in alto a destra hai bottone modifica html
li trovi com'e' impostata la tua pagina, come vedrai non c'e' codice relativo ai componenti e moduli ma un link ai componenti e moduli.
dipende da cosa devi modificare, se la struttura "html" o se il php che regolamenta i tuoi moduli/componenti, nel secondo caso devi modificare (a seconda di quello che ti serve) il modulo/componente dall'amministrazione o, se parliamo di un livello piu approfondito, i file php che li compongono.
credo che dovresti dare + info su cosa vuoi modificare perche' fare questa spiegazione sulla teoria e' un po complicato...