Ciao abombazza, se ti può consolare sappi che nei miei primi trasferimenti di sito da locale a remoto e viceversa ero nella tua stessa frustrante situazione. Non mi andava mai dritta al primo colpo e avevo sempre bisogno dell'aiuto di un mio nipotino smanettone...

Adesso è proprio un gioco da ragazzi! Non ne va mai storto uno. Tutto ok al primo colpo. Non saprei neppure che suggerimenti darti: trasferisco tutti i file e le cartelle, esporto ed importo il database, cambio questi dati nel configuration.php:
var $host = 'nome_server_mysql';
var $user = 'utente_mysql';
var $password = 'password_database';
var $db = 'nome_database';
var $tmp_path = 'path_assoluto/tmp';
var $log_path = 'path_assoluto/logs';
Lo faccio in continuazione. Tengo copia funzionante in locale di decine di siti, che aggiorno ad ogni importante aggiornamento in remoto. E viceversa.
Ho problemi solo con database superiori ai 4/5 mega in certi hosting. In tal caso spedisco il database al servizio di assistenza e chiedo a loro di upparlo.
Certo che è può capitare che una estensione che funziona in locale non vada in remoto, per via dei diversi settaggi nei server, come ti è stato detto. Ed è per questo che è consigliabile, una volta abbozzato il sito, caricarlo in remoto e finirlo lì. Sai che guaio se hai passato giorni ad impostare una galleria con centinaia di immagini e scoprire dopo che nel tal hosting non va?
Quanto ai tre punti specifici:
1- può darsi che in remoto torni a non dare errori come nella pendrive. Mal che vada cercherai la soluzione o cambi plugin;
2- si è ristretto il footer? Poca male, non è mica come quando la moglie sbaglia il lavaggio e si restringe la maglietta (sempre la più amata, peraltro...

). Tu riallargalo...

3- più semplice di come ti ho detto: su tutti i file, su il database, aggiusta le sei variabili nel configuration. php. Certe estensioni richiedono pure un aggiustamento nella loro configurazione...
Coraggio che passato il primo periodo i trasferimenti, come gli aggiornamenti, diventano pura routine....
