prova a fare così:
quando fai l'installazione ed arrivi alla schermata del database (usane uno nuovo magari) nella configurazione avanzata, spunta cancella vecchie tabelle (non servirebbe ma prova).
Passi poi alla migrazione, metti il nome del sito, spunta migrazione, metti l'estensione delle vecchie cartelle (_jos, se hai lasciato di default) carica il file dal tuo pc e speunta file di migrazione 1.0. Quindi procedi.
Dovrebbe andare perché mi pare che l'errore che hai si verifica perché trova degli indici pre-esistenti.
Da me è quasi tutto a posto, deve ovviamente attivare tutti i moduli fare un po' cambiamenti, trasferire immagini etc etc ma l'impianto di base sembra a posto