L'immagine favicon.ico come ti è giustamente stato detto si trova nella cartella images del sito o in quella del templates.
Per essere sicuro che tutto funzioni ti conviene sempre sostituirle entrambe.
Per quanto riguarda la sua creazione puoi utilizzare un programma gratuito che si chiama
Xnview il quale permette il taglio, il ridimensionamento e il salvataggio in moltissimi formati tra cui il .ico
La misura ottimale per le favicon è 16x16 pixel.
Fammi sapere se sei riuscito...
