Si, per estensione intendo componenti, moduli, plugin installati. Ed intendo anche quelli installati che magari non utilizzi più ma sono sempre presenti nell'installazione di Joomla. Tutti questi possono essere vulnerabili e con presenza di bug di sicurezza. Verifica se al momento dell'attacco tutte le estensioni esterne erano aggiornate all'ultima loro versione disponibile.
Poi altra cosa da verificare solo le applicazioni esterne installate sempre sullo stesso sito, se presenti. Tipo forum, chat ecc.... anche queste possono contenere bug di sicurezza se non aggiornate sempre all'ultima versione disponibile.
Per capire da dove sono entrati puoi far analizzare da un esperto i file di log del server ed i file presenti sul server.