se il sito è stato fatto oggetto di un hacking non puoi più fare affidamento su alcuno dei files del files system: è probabile che uno dei file sia un trojan che consente all'hacker di entrare ogni volta che vuole.
in questi casi consiglio di fare un'installazione, su un'altra macchina, della stessa versione di joomla e di tutte le estensioni, fare i back up del sito compromesso e cancellare tutto. poi carichi in nuovo sito e dalla copia fatta ricarichi le immagini, documenti e configuration.php.
sarebbe anche buona norma cambiare tutte le password.
per il futuro consiglio:
http://extensions.joomla.org/extensions/access-a-security/site-security/12731però prima devi rimettere in sicurezza il sito, altrimenti entreranno ancora.
ciao,
marco