Grazie Francesco.
Dopo due giorni di debugging incrociato del Template e dei CSS, ho trovato l'origine del problema. E' Mootools.
Se lo carico all'inizio, con l'apposita stringa dopo l'Head ( <?php JHTML::_('behavior.mootools'); ?> */), i menu a tendina governati da un apposito script non si aprono più.
Se lo carico con l'istruzione:
$document->addScript( JURI::base() . '/templates/itware/js/Mootools-Core.js' );
i menu a tendina si aprono perfettamente con i moduli che non fanno uso di Mootools (tipo il Kunena Forum o il Login). Se attivo JEvents o il modulo di Search smettono di funzionare, ma riprendono non appena si torna a pagine che non ne fanno uso. Purtroppo, il problema si presenta anche con l'inserimento di qualsiasi articolo nella pagina.
Può essere che si perda il collegamento con lo script? Nel caso, come lo posso creare/mantenere?
Grazie
Ale