1.Entrara nel pannello mysql del sito
2.Selezionare il db
3.Scorri tutta la pagina e seleziona in fondo la voce "Seleziona Tutti"
4.Seleziona Ottimizza tabella nel menu a tendina, a sinista del pulsante Seleziona Tutti
5.Attendi che mysql compia l'operazione
6.A fine dell'operazione avrai il resoconto delle tabelle ottimizzate
Non ti aspettare chissà quale miglioramento in velocità, ma è un'operazione che è consigliabile fare ogni mese. Particolarmente indicata per siti di grandi dimensioni e se sono stati installati e cancellati componenti e moduli svariate volte.
Per risolvere il tuo problema prima di tutto ragionerei sulla velocità del server e poi se non si può aumentare la banda andrei a controllaree tutti i componenti installati per vedere di snellire il più possibile il sisitema.
Sicuramente saprai che ci sono componenti che consumano molta memoria, un esempio sono i SEFurl.