Se hai disabilitato tutti i moduli dell'amministrazione, il problema è nelle tabelle del database, non hai cancellato nulla. Devi riabilitare i moduli del lato amministrazione.
Entra dal login nel pannello di amministrazione (che non vedrai come da figura) e poi prova a inserire del browser questo link:
http://nome-tuo-sito/administrator/index.php?option=com_modules&client=1
se vedi la finestra riabilita tutti i moduli.