facciamo cosi:
1) imposta tutto (ma proprio tutto tutto) a 777;
2) installa il componente joomlaxplorer (scritto così, non joomlaexplorer) oppure extplorer (nuova versione dello stesso componente);
3) fa una copia con questo componente di tutto, proprio tutto, cartelle e file;
4) metti il sito offline e disconnettiti da admin;
5) entra col pannello del server, cancella tutti i file e le cartelle originali e tutti i file originali;
6) rinomina le copie che hai fatto con il componente in modo da sostituire quelli che hai eliminato.
Ti suggerisco di nominare le copie tutte con un prefisso (1, ad esempio o, meglio, una ulteriore a. In tal modo avrai la cartella aadministrator seguita dalla cartella administrator. Con il pannello cancelli administrator e rinomini aadministrator)
In questo modo, siccome l'azione di rinomina non modifica il proprietario di file e cartelle, avrai tutto di "proprietà" di joomla. Rientrando come administrator potrai serenamente dare tutti i permessi che vuoi e joomla funzionerà.
Ovviamente, dovesse accadere un problema, non potrai sistemare nulla con il pannello, nè con l'ftp perché questi utenti non saranno proprietari di file e cartelle. In quel caso dovrai chiedere al tuo host: "could you, please, chown all folders and all files I have in my webspace to the default user?
In bocca al lupo, il lavoro è lungo

EDIT: ah, dimenticavo, nella improbabile ipotesi in cui l'utente del pannello di cui tu parli dovesse essere l'utente "root" (l'onnipotente, il "domineddio" di linux) anche dopo l'operazione di cui sopra potrai lavorare con i file con quell'utente (facendo attenzione a non riportare i file stessi sotto la sua proprietà, ovviamente)