E per forza, se smanetti fra le varie cartelle vedrai che trovi qualcos'altro anche in 'administrator - modules', l'installazione di un'estensione non si limita alla sola cartella 'modules' della root.
Un consiglio: installati ex novo i moduli che ti interessano, in quanto oltre che nelle cartelle si va a scrivere anche nel db, quindi...
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A proposito, da quanto leggo all'inizio mi sembra di capire che in realtà stai travasando tutto da una parte all'altra, giusto? O ho inteso male io?
Nel caso segui questi passi:
http://wiki.joomla.it/index.php?title=Trasferimento_siti_web_Joomla_da_locale_a_remoto_e_viceversa#Sito_web_remotoLa logica è la stessa, si fa un export dal vecchio db ed un import nel nuovo e si copiano file e cartelle dal vecchio al nuovo spazio web; chiaramente cambiano anche i valori da inserire nelle variabili appunto del configuration.php del nuovo sito, inserendo quindi i nuovi puntamenti e le nuove credenziali.