Se non sei pratica di db e/o di phpmyadmin allora ti consiglio di non mettere mani al db, meno si fa all'inizio e meno danni ci si ritrova poi alla fine; d'altronde il db di solito in un'installazione normale non è per nulla grande.
Per la pulizia comincia col cancellare i file dentro la cartella tmp e poi da backend cancella menu, voci di menu e articoli che non usi o che sono ormai obsoleti e svuota i vari cestini (articoli-menu).
Per il discorso del tool di ricerca "spazzatura" no, che io sappia non ce ne sono, magari comincia tu a fare un inventario di ciò che hai (gallerie, gestione documenti etc.) e vai a vedere ciò che effettivamente ti serve o meno e cosa si può cancellare come documenti perchè magari vecchiotto, chi meglio di te sa cosa c'è nel tuo sito?
