se ti riferisci al fatto che il IE si vede la barra di scorrimento laterale, è un problema di IE.
Credo che lo faccia quando il browser cerca di adattare la lunghezza del frame alle dimensioni del contenuto.
controlla che nelle impostazioni del wrapper le voci barre di scorrimento e altezza automatica siano settate su no e poi fissa un'altezza del wrapper che sia maggiore o uguale all'altezza del contenuto (visto che il contenuto ha un'altezza fissa non dovrebbero esserci problemi). Questo dovrebbe risolvere il problema, ma non ne sono sicuro.
p.s. ho notato che hai anche un altro problema che si presenta anche con altri browser, i menu a tendina finiscono sotto il filmato in flash, questo è un problema comune quando si usa flash. Per risolverlo devi impostare il filmato in modo che stia al di sotto degli altri contenuti.