potrebbe essere qualche file danneggiato, probabilmente conviene caricare la versione completa (senza la dir installation) e non solo l'aggiornamento (il che non ti salva da eventuali cavalli di troia lasciati dall'hacker, però).
sicuro che le pagine in questione non abbiano assegnato un template specifico (che è stato dannegiato)?
ciao,
marco