@Thethief: un sito Joomla parte da index.php non da index.html, per cui puoi cancellare index.html senza problemi, via ftp o dal file manager di Altervista.
Per quanto riguarda eventuali problemi di Altervista, in realtà ho da 3 anni un sito Joomla lì, e solo una volta mi è capitato di non riuscire a caricare un componente. Il problema dipende dal fatto che gli script hanno un tempo massimo, raggiunto il quale vengono bloccati (per motivi di sicurezza). Visto che tale limitazione è presente in molti degli hosting free, moltissimi componenti sono programmati in modo da spezzettare gli script, per cui il problema non sorge.