Ma il link l'hai legato ad un'immagine e/o ad un testo? Sei sicuro di aver utilizzato la sintassi giusta? <a href="indirizzo/file.pdf">testo da linkare<"slash"a> al posto di "slash" devi mettere /
Con la sintassi giusta non importa se hai o meno il file nel sito, al massimo ti dirà che il collegamento è errato e non punta a niente, ma comunque il link dovrebbe essere attivo e cliccabile.