forse non sto riuscendo a comprendere bene il problema, ma ... tutto quello che occorre fare sul template, lo puoi fare in ogni caso. Nel caso in cui volessi disinstallarlo, lo disinstalli normalmente con l'installer di joomla.
Certo, se intendi sovrascrivere quel file con uno "fresco", devi prima modificarne i permessi via ftp o tramite pannello di controllo del servizio hosting.
Per il resto, i template non vanno "caricati" sul sito, ma installati attraverso la gestione di joomla
estensioni -> installa/disinstalla.
Selezioni il pacchetto e joomla individua da se se si tratta di componente, modulo, plugin o template