Ciao loky62 io ho fatto così (sotto consiglio di Alexred)
ho scaricato sul mio pc un backup settimanale, precedente l'attacco, basta controllare che le modifiche fatte siano successive al backup...insomma un backup pulito.
Poi ho sovrascritto il tutto sul server, in pratica ho ripristinato un backup di qualche giorno fa'.
Poi ho aggiornato all'ultima versione.
Ho provveduto inoltre al cambio login FTP.
Ho provveduto alla modifica della password di Joomla!
Così credo di avere risolto.