Ok avevo capito male allora.
In locale per poter aggiornare il sito dovresti ogni volta scaricarti il sito per intero magari con akeeba, poi ripristinarlo in un ambiente server locale come per esempio xampp, effettuare le modifiche e rifare l'operazione opposta per ritrasferirlo in remoto. Si tratta di una modalità poco pratica oltre che fonte di possibili errori, meglio continuare ad effettuare le modifiche direttamente in remoto. Una copia in locale ti serve però per modifiche sostanziali e o importanti quando non si vuole compromettere il sito e quindi le si fanno prima in locale come test e poi le si rifanno in remoto se tutto rispnde come ci si aspettava.