ciao

non capisco a cosa ti serve mettere le mani nel codice... visto che hai già la posizione user3, installi il modulo del menu e lo pubblichi in quella posizione...
provo a risponderti un pò a senso... quei file probabilmente servono per alcune funzioni del template, tipo styleloader.php per cambiare lo stile del template e l'altro credo siano altri gadget tipo il font size...
comunque non credo ti serva di intervenire in quei file, al massimo nel index.php se devi inserire la posizione modulo