Esatto Ted. Lo scopo è proprio quello di poter personalizzare il template senza perdere le modifiche nel caso un aggiornamento di Joomla! cambi quel file...
Ovviamente si dovrebbe controllare ad ogni aggiornamento se quei file di cui facciamo l'override vengono modificati ed apportare le modifiche anche nei nostri file con cui sovrascriviamo gli originali. Chiaro che se la modifica è solo formale (un massiccio aggiornamento modificava la data del copyright su centinaia di file, per dirne una....) non ce ne importa nulla...
Ma se in un file aggiungono la prima stringa di controllo:
<?php defined( '_JEXEC' ) or die( 'Access to this location is RESTRICTED.' ); ?>
che prima si erano scordati di scrivere, andrò a scriverla di corsa anche sul corrispondente file nella mia cartella html