Ma con Joomla non scrivi pagine html statiche.
I contenuti sono tutti nel db, devi solo attribuire una sezione ed una categoria.
Le pagine che realizzi non sono effettivamente html a cui corrisponde un file con un nome ed una posizione.
Il massimo livello di organizzazione che puoi avere, di base, è quello realizzato creando contenitori di e contenuti
Sezioni e categorie sono contenitori. Le categorie sono contenute nelle sezioni e nelle categorie finiscono i contenuti.
Questa è solo una astrazione, di fatto tutto finisce nel db, ma grazie a questa astrazione hai modo di organizzare i tuoi contenuti con un certo ordine.
La struttura delle voci di menu e dei sottomenu non è però strettamente correlata all'organizzazione presente in categorie sezioni e contenuti