ti ringrazio per la risposta, ma il file htaccess l'ho risovrascritto dall'ultima versione di joomla quindi era "vergine". Comunque ho risolto:
nel passaggio alla root non so perchè ma alcune impostazioni come plugin, menu hanno cambiato impostazione creando un po' di disordine. Ho rimesso tutto in ordine e poi ho cancellato nel db alcune tabelle di un componente per SEO.
Pulito tutto o rifatto il processo: ho attivato le opzioni e modificato il suffisso del file htaccess ed ora tutto funziona.