Non so mica se ho capito la tua domanda ma visto che mi andava di rispondere ad un post ho scelto questo
Il problema mi sembra riguardi come joomla cripti le password, giusto?
Allora ti faccio un esempio su come viene criptata la password su Joomla, penso ti basterà per accedere dal tuo codice:
jimport('joomla.user.helper');
$salt = JUserHelper::genRandomPassword(32);
$crypted = JUserHelper::getCryptedPassword($password, $salt);
$password = $crypted.':'.$salt;
Ovviamente se il tuo php non usa il framework di Joomla devi importarti la classe helper di user e le sue dipendenze.
Spero che questo codice ti possa servire per risolvere il tuo problema
ciao