si infatti quando l'editor funziona in modalità non html al salvataggio dell'articolo viene eliminato tutto il codice inserito.
un'altra soluzione che mi è venuta in mente pensandoci dopo è la seguente: vai in gestione plugin ed edita il plugin Editor - TinyMCE 2.0 nei parametri plugin a destra vedrai che ci sono delle impostazioni relative alla pulizia del codice al salvataggio ed al riavvio dell'editor. di default sono impostate in modo tale che il codice venga ripulito sempre. variando le impostazioni dovresti risolvere il tuo problema. se mi fosse venuto in mente prima ti evitavi di installare l'edito jce.