Molto anomala come cosa... Io generalmente uso sempre un sito provvisorio come nel tuo caso. Uno nella root del server ftp e l'altro della cartella prova (o simili). Una volta creati 2 db diversi e modificati i file configuration.php indirizzato il sito nella root ad un db e quello nella cartella ad un altro db, ho la possibilità di lavorare su 2 siti diversi. Direi che sono gli unici passaggi da seguire, prova a ricontrollare