Ciao 'imac80',
direi che è in massima parte un problema di CSS:
Per (2): "text-decoration: none;" (probabilmente al posto di ": underline;"),
Per (3): "background-color: #<colore>;" sul tag TR in hover.
Per (1): da quanto mi ricordo va programmato, nel senso che nel file PHP devi dire se la riga è "pari" o "dispari". Questa informazione la puoi mettere nella classe del tag TR. Es "col0" per le righe pari e "col1" per le righe dispari. Poi assegni due background-color diversi per .col1 e .col0
Se guardi come sono fatte ler righe del backend di Joomla dovresti capire cosa intendo (es. la lista degli articoli è fatta così, nel backend).
Per modificare il CSS non posso che raccomandare l'eccellente estensione (gratuita) per Firefox: si chiama "FireBug" ed è indispensabile per andare a scovare i problemi di CSS e modificarli "al volo" per fare i test.
Ciao
Fabrizio