Anch'io sto cercando quello che descrivi.
Su un sito ( riparazioniconsole.net ) ho risolto editando index.php ed aggiungendo uno script per floating container.
E' semplece e funzionale.Puoi inserirci adsense o doubleclik o ... quello che ti pare.
Ho provato anche ad installare il modulo che ti h suggerito "adottauncane" ma , certamente a causa mia, non sono riuscito a fargli fare quello che volevo.
lo script l'ho trovato girando con google e cercando "joomla floating object container".
Non sapendo se posso o meno pubblicare i link ti ho "raffinato" la ricerca. I primi 2 o tre risultati che trovi sono tutti buoni!
Io cerco una cosa analoga ma con un bottone di chiusura... se ti capita!
Modifico la risposta pechè ho trovato esattamente quello che cerchi: BuaXua Floating... fa con un modulo quello che io ho fatto a mano!