Il concetto è che devi copiare i dati relativi agli user. Suppongo siano i dati contenuti nella tabella users del db. Per cui basta andare in quella tabella col phpmyadmin, dare il comando esporta ed eseguire. Scaricato il file si va nel phpmyadmin del db nuovo, si va nella tabella users e si da il comando importa usando il file appena scaricato.
Ovviamente lo si può fare se le tabelle dei due db sono uguali e quindi se hanno gli stessi campi. In caso contrario bisognerebbe creare uno script di migrazione.
Stavo per dimenticarmi, ovviamente devi fare le copie di backup di tutti e due i db in modo da potersi salvare in caso di fallimento dell'operazione.