Ciao Bizio71,
"Replace the existing folder" cancella quella sul server e mette quella nuova (il sito non funzionerà più)
Giusto dovrebbe essere "Merge the existing folder"
Ma fai una prova così eviti problemi:
Fai una cartella sul server, ci metti tre files e provi ad uploadare una nuova cartella con lo stesso nome contenente un solo file, che abbia lo stesso nome di uno dei tre files sul server