Se le tue modifiche sono di carattere GRAFICO (disposizione moduli, immagini, css, effetti), devi modifcare il file index.php del template in uso ( lo trovi in templates/nome template/index.php). Per ulteriori informazioni, guarda nelle wiki, o cerca in google "Creare Template joomla". Ovviamente, devi scegliere tra 1.6 ed 1.5.
ALTRIMENTI
se devi fare delle modifiche di quali dati presentare, devi guardare sempre nelle wiki. Questa seconda tipologia, rientra nelle modifiche del codice Joomla; però penso che ti interessi l'aspetto grafico.