Ciao tasto ank'io ho avuto il tuo stesso problema....ma basta girare un pò sul web è scopri di tutto.....
Allora ti spiego: apri firebug e analizzi l'elemento "vai su".....Trova la riga ed apri il css. Una volta trovata la riga essa dovrebbe essere così :
div.itemBackToTop {text-align:right;}
quindi basta aggiungere affianco a text-align un "display: none", cioè kosì:
div.itemBackToTop {text-align:right; display:none;}
Salva e aggiorna la pagina il "vai su" sparisce

Fammi sapere se ti funziona