quando creai un sottodominio generalmente devi indicare a quale cartella punta l'indirizzo di sottodominio, in quella cartella puoi installare anche un nuovo joomla a cui sarà dadicato un nuovo database, se invece hai già installato un joomla nella root principale, e ne vuoi mettere un'altro in una sottocartella e vuoi condividerne il database o i contenuti la faccenda si fa complicata.
Spero di averti risposto